جزیره ای در جنوب ژاپن. «سوسوکه» پسر بچه ای پنج ساله است که همراه مادرش در خانه ای کوچک بالای صخره ای مشرف به یک شهر کوچک بندری زندگی می کند. او با یک ماهی قرمز کوچولوی دختر به نام «پونیو» دوستی پیدا می کند که آرزو دارد انسان بشود.

تلاش‌ها و مبارزات گروهی از طردشدگان که در «ین‌تاون» در یک ژاپن با آینده‌ای جایگزین زندگی می‌کنند.

موئمی وقتی یوکیو چند لاک‌پشت برای سرگرم کردن او به خانه می‌آورد، چندان خوشحال نمی‌شود. با وجود اینکه یوکیو به عنوان نویسنده در خانه کار می‌کند، موئمی احساس تنهایی و بی‌توجهی می‌کند و دلش سگ یا گربه می‌خواهد، اما نگهداری از هیچ‌کدام در آپارتمان آن‌ها مجاز نیست.